Αψηφώντας τις εντολές που αποσκοπούσαν στην καταστολή των ειδήσεων των σφαγών, συγκέντρωσε πληροφορίες για τη γενοκτονία και πήρε εκατοντάδες φωτογραφίες αρμενικών στρατοπέδων απέλασης, κυρίως στη συριακή έρημο.
Ο Wegner συνελήφθη τελικά, αλλά όχι πριν πετύχει να διοχετεύσει μέρος της ερευνητικής του δραστηριότητας στη Γερμανία και τις Ηνωμένες Πολιτείες μέσω παράνομων γραμμών αλληλογραφίας. Όταν μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη τον Νοέμβριο του 1916, πήρε μυστικά μαζί του φωτογραφικές πλάκες εικόνων που κατέγραψε μαζί με άλλους Γερμανούς αξιωματικούς.
Δείτε το άλμπουμ όπως δημοσιεύεται στο armenian-genocide.org:
Ο Βέγκνερ υπήρξε ο μοναδικός συγγραφέας στη Ναζιστική Γερμανία που διαμαρτυρήθηκε δημόσια για τις διώξεις των Εβραίων.
Όπως σημειώνουν τα armenika.gr το 1933 κάποιες μέρες αφότου έστειλε ανοιχτή επιστολή διαμαρτυρίας στον Χίτλερ για τα κρατικά οργανωμένα πογκρόμ εις βάρος των Εβραίων της Γερμανίας, συνελήφθη από την Γκεστάπο. Βασανίστηκε και φυλακίστηκε σε επτά ναζιστικά στρατόπεδα συγκέντρωσης και φυλακές μέχρι που στο τέλος κατάφερε να διαφύγει στην Ιταλία. Αφιέρωσε το μεγαλύτερο μέρος της ζωής του μαχόμενος για ανθρώπινα δικαιώματα-«παράδοση» που συνεχίζουν τα δυο παιδιά του. ΄Έλαβε για τη δράση του πολλές διεθνείς τιμητικές διακρίσεις και βραβεία και το 1968 προσκλήθηκε στην Αρμενία για να του απονεμηθεί η διάκριση του Τάγματος του Αγίου Γρηγορίου του Φωτιστή ενώ οδός στο Ερεβάν φέρει το όνομα του προς τιμή του.
Πέθανε σε ηλικία 92 ετών το Μάιο του 1978 στη Ρώμη. Στον τάφο του αναγράφεται στα λατινικά:
«Amavi iustitiam odi iniquitatem Propterea morior in exsilio (αγάπησα την δικαιοσύνη και μίσησα την αδικία. Ως εκ τούτου θα πεθάνω στην εξορία)».