Άλλο χαρακτηριστικό τους είναι ότι παραμένουν απομονωμένοι σε ορεινές περιοχές και δεν έρχονται σε επιμειξία με τα άλλα φύλα της περιοχής, είτε χριστιανικά, είτε μουσουλμανικά. Το αποτέλεσμα αυτής της καταστάσεως απομονωτισμού, είναι η διατήρηση της φυλετικής τους καθαρότητας, με ξεχωριστά ανθρωπολογικά χαρακτηριστικά (ξανθοί με ανοιχτόχρωμα μάτια) και δεν έχουν καμία σχέση με τους μογγόλους.
Οι Πομάκοι υπήρξαν κυρίως θύμα των ισχυόντων γεωστρατηγικών δογμάτων και των σχέσεων ανάμεσα στα κράτη της περιοχής. Κατά τη διάρκεια του ψυχρού πολέμου με την ένταξη Ελλάδας και Τουρκίας στο ΝΑΤΟ, θεωρήθηκε ότι τα συμφέροντα της συμμαχίας προάγονται με τη γλωσσική και πολιτισμική ομογενοποίηση της μειονότητας και την ταύτισή της με την Τουρκία. Οι Πομάκοι λόγω του βουλγαρικού ιδιώματος που εμπεριέχεται στη γλώσσα τους, θεωρήθηκαν ως υποψήφιοι για ενσωμάτωση στην κρατική οντότητα της Βουλγαρίας και έγινε συνειδητή προσπάθεια να εκτουρκισθούν. Με την όξυνση όμως των σχέσεων ανάμεσα σε Ελλάδα και Τουρκία η χώρα μας αλλάζει την πολιτική της και προτιμούσε τους Πομάκους Βούλγαρους παρά Τούρκους.
Λανθασμένες ενέργειες και επιβολή ελέγχων άδειας κυκλοφορίας από την πόλη της Ξάνθης προς τα πομακοχώρια που καταργήθηκαν τη δεκαετία του ΄80, συνέτειναν στην απομόνωση των Πομάκων και στον προσεταιρισμό τους από τον τουρκικό παράγοντα. Μετά το 1995 έχει ξεκινήσει μια προσπάθεια βελτίωσης των συνθηκών διαβίωσης της μειονότητας και κυρίως των Πομάκων που κατοικούν σε απομονωμένα χωριά, η οποία εντάσσεται στο «πρόγραμμα κοινωνικής προσφοράς των Ενόπλων Δυνάμεων».
Στο πλαίσιο αυτό, έχουν διανοιγεί εκατοντάδες χλμ. ορεινών οδών, που παράλληλα με τις στρατιωτικές ανάγκες, εξυπηρετούν και τους μουσουλμάνους κατοίκους ορεινών χωριών. Επίσης πραγματοποιούνται επισκέψεις στρατιωτικών ιατρών σε μουσουλμανικά χωριά, για την παροχή πρωτοβάθμιας υγειονομικής περίθαλψης στους κατοίκους και στους μαθητές. Ενδιαφέρον στοιχείο αυτής της προσπάθειας, ήταν η δημιουργία ενός λεξικού της πομακικής γλώσσας, που συντάχθηκε με τη συνδρομή του Στρατού από Πομάκους που υπηρετούσαν τη θητεία τους. Είναι όμως κατανοητό ότι οι Ένοπλες Δυνάμεις με τις δράσεις που αναπτύσσουν σε καμιά περίπτωση δεν μπορούν να αναπληρώσουν την έλλειψη χρόνιας στρατηγικής της πολιτείας στο κομμάτι αυτό της μειονότητας που όπως φαίνεται έχει ελληνική εθνική συνείδηση σε μεγαλύτερο βαθμό από κάποιους «Έλληνες».